Rupture conventionnelle et mi-temps thérapeutique : quel impact sur le calcul de l'indemnité ?

Vous êtes en mi-temps thérapeutique, et une rupture conventionnelle est sur la table. La question arrive vite. L’indemnité va-t-elle être calculée sur le salaire réduit, ou sur le salaire d’avant ? La réponse change le montant. Parfois de plusieurs milliers d’euros.

En droit social, le droit du travail fixe un plancher. L’indemnité de rupture conventionnelle ne peut pas descendre sous l’indemnité légale de licenciement. Le droit social encadre aussi la façon de reconstituer le salaire de référence quand la santé a réduit le temps de travail. Un mi-temps thérapeutique n’est pas un temps partiel choisi. Le confondre avec un mi-temps classique est l’erreur la plus coûteuse.

Cet article pose la méthode, les chiffres 2026, et les points à vérifier avant de signer.

L’expression mi-temps thérapeutique est entrée dans le langage courant. Le Code du travail, lui, ne la définit pas. Le texte parle de reprise du travail à temps partiel pour motif thérapeutique. Le médecin prescrit une reprise progressive. La caisse accepte, ou non, le versement d’indemnités journalières.

Le but est simple. Revenir au travail sans tout reprendre d’un coup. Ou suivre un traitement tout en gardant une activité. La quotité peut être de 50 %, mais aussi de 60 %, 70 % ou 80 %. Le mot « mi-temps » est donc souvent trop étroit.

Deux revenus se côtoient alors.

• Le salaire versé par l’employeur, pour les heures vraiment faites.
• Les indemnités journalières de l’Assurance maladie, pour la perte de gain, dans la limite des plafonds.

Hors affection de longue durée, l’indemnisation maladie est plafonnée à 360 indemnités journalières sur 3 ans, avec une prolongation possible d’un an en temps partiel thérapeutique. En affection de longue durée exonérante, le cadre est de 3 ans, plus un an possible. Ces plafonds concernent les indemnités journalières, pas le droit de rester en poste.

Les indemnités journalières ne sont pas du salaire. Elles ne rentrent pas dans le salaire de référence de l’indemnité de rupture. En revanche, elles n’autorisent pas non plus l’employeur à figer le calcul sur le seul bulletin réduit.

Si vous êtes encore en arrêt, les règles de transmission et de renouvellement restent à part. Le délai de 48 heures pour transmettre un arrêt de travail et le nombre de renouvellements d’un arrêt maladie ne changent pas le calcul de l’indemnité, mais ils situent la période à neutraliser.

La rupture conventionnelle est un accord. Les deux parties veulent mettre fin au CDI. Ce n’est ni une démission, ni un licenciement. Le formalisme reste strict : entretien, convention, délai de rétractation de 15 jours calendaires, puis homologation par l’administration.

Le montant se négocie. Il a toutefois un plancher. L’article L. 1237-13 du Code du travail dit que l’indemnité spécifique de rupture conventionnelle ne peut pas être inférieure à l’indemnité légale de licenciement. Si un accord de branche prévoit mieux, c’est ce montant conventionnel qui sert de plancher.

Le barème légal, fixé à l’article R. 1234-2, est le suivant.

• 1/4 de mois de salaire par année d’ancienneté, jusqu’à 10 ans.
• 1/3 de mois de salaire par année au-delà de 10 ans.
• Droit ouvert à partir de 8 mois d’ancienneté.

Les années incomplètes comptent au prorata. Six mois font une demi-année. Le détail de la formule, primes comprises, est repris dans le guide sur comment calculer les indemnités de rupture conventionnelle.

Un exemple simple, hors mi-temps. Salaire de référence de 2 800 € brut, 7 ans d’ancienneté.

2 800 × 1/4 × 7 = 4 900 €.

C’est le minimum légal. Rien n’empêche de signer plus haut. Beaucoup de dossiers se négocient au-dessus, surtout quand une convention collective est plus généreuse, ou quand le salarié renonce à un contentieux possible. Les étapes pour négocier une rupture conventionnelle aident à poser ce montant avant la signature.

L’indemnité se calcule sur un salaire de référence. L’article R. 1234-4 du Code du travail retient la formule la plus favorable au salarié.

• La moyenne mensuelle des 12 derniers mois précédant la rupture.
• Ou le tiers des 3 derniers mois. Dans cette seconde formule, une prime annuelle n’entre qu’au prorata, en pratique 1/12e par mois.

On prend le brut. Pas le net. On ajoute le salaire de base, les heures supplémentaires habituelles, les avantages en nature, et les primes qui ont un caractère de salaire. Une prime exceptionnelle vraiment isolée se traite à part, selon la formule choisie.

Si les 12 derniers mois, ou les 3 derniers, tombent en mi-temps thérapeutique, la moyenne chute. Un salaire passé de 3 200 € à 1 600 € tire le calcul vers le bas. C’est exactement ce que la Cour de cassation a voulu éviter.

Ce que disent les arrêts de 2024 et de 2025

Le 12 juin 2024, la chambre sociale a jugé qu’un salarié en temps partiel thérapeutique au moment du licenciement ne doit pas voir ses indemnités calculées sur le salaire réduit (Cass. soc., 12 juin 2024, n° 23-13.975). Le salaire de référence est celui perçu avant le temps partiel thérapeutique, et avant l’arrêt de travail qui l’a précédé, s’il y en a eu un. La règle vise l’indemnité légale ou conventionnelle, l’indemnité compensatrice de préavis, et l’indemnité pour licenciement sans cause réelle et sérieuse.

Le 5 mars 2025, la Cour a fermé l’autre chronologie (Cass. soc., 5 mars 2025, n° 23-20.172). Le salarié était en arrêt maladie le jour du licenciement, après une période de temps partiel thérapeutique. Là encore, il faut prendre les 12 ou les 3 derniers mois précédant le temps partiel thérapeutique, selon la formule la plus favorable.

Le fondement est le même dans les deux arrêts. L’article L. 1132-1 du Code du travail interdit une mesure défavorable fondée sur l’état de santé. Calculer sur le salaire réduit reviendrait à faire payer au salarié le prix de sa pathologie.

Service-Public reprend cette lecture pour l’indemnité de licenciement. Quand le salarié a été en arrêt de travail ou en temps partiel thérapeutique dans les derniers mois, le salaire de référence est celui des 12 ou des 3 mois précédant l’arrêt ou le temps partiel thérapeutique.

La rupture conventionnelle n’a pas son propre mode de calcul du plancher. Elle emprunte celui de l’indemnité légale. Neutraliser le mi-temps thérapeutique est donc la lecture la plus solide du minimum légal. Un employeur qui fige le calcul sur les bulletins réduits s’expose à un reliquat, et parfois à un débat sur le consentement.

Temps partiel choisi et temps partiel thérapeutique, deux calculs

La distinction compte.

Un temps partiel choisi, stable, se proratise. Trois ans à temps plein, puis deux ans à mi-temps : chaque période a son salaire. C’est la règle classique.

Le temps partiel thérapeutique se neutralise. On remonte avant la baisse liée à la santé. On ne fait pas de moyenne entre les mois pleins et les mois réduits.

Le congé parental à temps partiel a aussi son régime propre, plus protecteur que le temps partiel choisi. Ce n’est pas le sujet ici, mais la comparaison montre une chose. Toutes les baisses d’horaire ne se traitent pas de la même façon.

Prenons Léa, assistante commerciale, 9 ans d’ancienneté. Salaire temps plein : 3 000 € brut. Depuis 4 mois, elle est à 50 % pour motif thérapeutique, et perçoit 1 500 € de l’employeur. Les indemnités journalières complètent une partie de la perte. Elles restent hors calcul.

Deux méthodes circulent dans les échanges. Une seule est conforme à la jurisprudence récente.

L’écart grandit avec l’ancienneté et le salaire. À 15 ans et 3 800 € brut, le plancher passe d’un quart de mois pendant 10 ans, plus un tiers pendant 5 ans.

• Sur 3 800 € : (3 800 × 1/4 × 10) + (3 800 × 1/3 × 5) = 9 500 + 6 333 = 15 833 €.
• Sur une moyenne tirée vers 3 000 € par 6 mois de mi-temps : le même barème tombe vers 12 500 €.
• Écart proche de 3 300 €, avant toute négociation au-dessus du plancher.

Ces montants sont des planchers. Une convention collective de branche peut prévoir un mois par année, ou une autre formule. Il faut toujours comparer, et garder le plus haut.

Le salaire de référence n’est qu’une partie du calcul. L’ancienneté est l’autre.

La suspension pour maladie, puis le temps partiel thérapeutique, n’effacent pas les années déjà acquises. L’ancienneté court en principe de l’entrée dans l’entreprise jusqu’à la fin du contrat. Les mois de maladie comptent pour ouvrir le droit à l’indemnité, dès 8 mois, et pour le nombre d’années.

Les points à reprendre sur les bulletins sont concrets.

• Salaire de base des mois pleins, avant l’arrêt et avant le mi-temps.
• Heures supplémentaires régulières de cette période.
• Primes d’ancienneté, de 13e mois, d’objectifs, si elles ont un caractère de salaire.
• Avantages en nature.
• Absences déjà neutralisées dans les mois de référence, pour ne pas compter deux fois une baisse.

Si la formule des 3 mois est plus favorable, une prime annuelle versée dans ces 3 mois n’entre qu’à hauteur d’un douzième par mois. Oublier ce prorata, ou au contraire l’appliquer à la formule des 12 mois, fausse le résultat.

Un salaire versé en trop sur un bulletin ancien ne se compense pas en silence dans l’indemnité. Les règles de remboursement d’un salaire versé en trop restent distinctes. Mieux vaut solder ce point avant la convention, pour éviter un chèque plus bas que prévu.

L’indemnité spécifique de rupture conventionnelle a un régime social particulier. Il pèse surtout sur l’employeur, mais il éclaire aussi la négociation.

Depuis le 1er janvier 2026, la contribution patronale due sur la part exonérée de cotisations est passée de 30 % à 40 %. France Travail le rappelle pour les ruptures dont la fin de contrat est postérieure à cette date. Peu importe que la convention ait été signée en 2025. C’est la date de fin du contrat qui compte. Le Bulletin officiel de la Sécurité sociale, opposable au 1er avril 2026, retient le même critère.

L’assiette est la fraction exonérée de cotisations. Cette exonération est plafonnée à 2 fois le plafond annuel de la Sécurité sociale. Le PASS 2026 est de 48 060 €. Le plafond d’exonération de cotisations est donc de 96 120 €.

Un exemple employeur. Indemnité de 20 000 €, entièrement sous le plafond.

• Contribution 2025, à 30 % : 6 000 €.
• Contribution 2026, à 40 % : 8 000 €.
• Surcoût : 2 000 €, à la charge de l’employeur seul.

Côté salarié, l’exonération d’impôt sur le revenu suit le régime des indemnités de licenciement. Elle est limitée au plus élevé de plusieurs plafonds, parmi lesquels le montant de l’indemnité légale ou conventionnelle, et des plafonds liés au PASS et à la rémunération annuelle. Au-delà, la fraction excédentaire entre dans l’impôt. La CSG et la CRDS peuvent aussi s’appliquer sur une partie de la somme, selon les seuils.

Un montant net « en poche » ne se lit pas sur le seul chiffre écrit dans la convention. Demander une simulation des deux côtés évite les mauvaises surprises le jour du solde de tout compte.

Le chômage suit une autre logique. La rupture conventionnelle ouvre en principe des droits, sous réserve des conditions d’affiliation. Le salaire journalier de référence de France Travail a ses propres règles, et une période de mi-temps peut aussi y jouer. Le point est traité à part dans rupture conventionnelle et chômage.

Quelques dossiers reviennent souvent. Les éviter avant l’homologation est plus simple qu’après.

1. Calculer sur les derniers bulletins réduits. C’est l’erreur centrale. Les mois de mi-temps thérapeutique, et l’arrêt qui les précède, se neutralisent.
2. Ajouter les indemnités journalières au salaire. Elles compensent une perte. Elles ne sont pas un élément de rémunération versé par l’employeur.
3. Proratiser comme un temps partiel choisi. La jurisprudence de 2024 et de 2025 écarte cette lecture pour le motif thérapeutique.
4. Oublier la convention collective. Le plancher légal n’est qu’un plancher. Un accord de branche plus favorable s’impose.
5. Mélanger brut et net. Tout le barème se calcule en brut.
6. Signer sans comparer les deux formules. Parfois les 3 mois d’avant l’arrêt battent les 12 mois, à cause d’une prime. Parfois c’est l’inverse.
7. Confondre la date de signature et la date de fin de contrat. Pour la contribution à 40 %, c’est la fin du contrat qui compte, à compter du 1er janvier 2026.

D’autres pièges de procédure, hors calcul, sont listés dans les erreurs à éviter lors d’une rupture conventionnelle. Un vice du consentement, une pression liée à l’état de santé, ou un délai de rétractation mal décompté peuvent faire tomber la convention. Le sujet est voisin, pas identique. Un mauvais chiffre et un consentement fragilisé se renforcent souvent.

La convention n’a pas à recopier un cours de droit. Elle doit afficher un montant clair. En amont, le salarié a intérêt à arriver avec une feuille simple.

• Date de début du dernier arrêt, s’il y en a un.
• Date de début du temps partiel thérapeutique, et quotité.
• Douze bulletins précédant cette date, plus les trois derniers de cette période saine.
• Texte de la convention collective sur l’indemnité de licenciement.
• Ancienneté exacte, en années et en mois.

La phrase utile, en entretien, reste factuelle. Le mi-temps est lié à l’état de santé. Le salaire de référence se reconstitue sur la période antérieure. Le minimum légal se calcule sur cette base, puis se compare à l’indemnité conventionnelle.

Rien n’interdit de viser plus haut que le plancher. L’employeur, de son côté, intègre le coût de 40 %. Un chiffre qui paraît acceptable en net salarié peut devenir lourd une fois la contribution ajoutée. Mettre les deux visions sur la table évite un blocage le jour de l’homologation.

Les avantages et inconvénients de la rupture conventionnelle pour les salariés aident à trancher entre cet accord et d’autres issues. Une démission en arrêt maladie obéit à d’autres règles, détaillées dans arrêt maladie et démission. Ce n’est pas le même acte, et ce n’est pas la même indemnité.

Si le désaccord porte déjà sur le chiffre, ou sur la réalité du consentement, le Conseil de prud’hommes reste la voie contentieuse. Un reliquat d’indemnité se demande dans les délais de prescription applicables aux salaires et indemnités de rupture. Agir tôt laisse les bulletins et les arrêts encore lisibles.

Le mi-temps thérapeutique baisse le bulletin. Il ne doit pas baisser le plancher de la rupture conventionnelle.

Le salaire de référence se prend sur les 12 mois ou les 3 mois précédant le temps partiel thérapeutique, et l’arrêt qui l’a précédé. On garde la formule la plus haute. Les indemnités journalières restent dehors. L’ancienneté, elle, ne s’efface pas.

En 2026, le plancher légal est toujours de 1/4 de mois par année jusqu’à 10 ans, puis 1/3 au-delà. La contribution patronale sur la part exonérée est de 40 % si le contrat se termine à compter du 1er janvier 2026, dans la limite de 2 PASS, soit 96 120 €.

Un calcul posé sur les bons mois change le chèque. Il change aussi la qualité de l’accord. Les articles de la rubrique actualités reviennent sur les arrêts, les salaires et les ruptures de contrat. Pour faire vérifier un projet de convention, le montant et la convention collective applicable, un rendez-vous en droit du travail permet de repartir avec un chiffre argumenté, avant la fin du délai de rétractation.

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